28岁的方平意外重生到了2008年的平行世界，回到了18岁高中时的自己。这是一个由武者体系构成的世界，在这里，武者拥有极高社会地位及权利。因前世战天帝的命运巧合，重生后的方平体内生成了武道系统，可通过接触任意价值的稀有道具转化为武道值，以超越常人的速度将骨骼、筋脉、肉身、气血、精神力等一系列能力提升。通过系统金手指及自身头脑，方平顺利进入摩都武科大学进修，在日后的岁月中，不断完成自我成长。面对未知的困境，他逐渐意识到武者需要承担的责任与守护亲情、友情、爱情的使命。
15世纪的欧洲某国。在跳级中被允许进入大学的神童拉法尔。他回应了周围的期待，宣布将专攻当时最重要的神学。但是，从以前开始就热心投入的对天文的热情一直没有被抛弃。 有一天，他遇到了一位名叫休伯特的神秘学者。因为触犯了基于异端思想的禁忌而受到拷问，被关进监狱的休伯特。 他研究的是关于宇宙的冲击性的“某个假说”——。
在未来故事中具有重要意义的鱼人岛篇经过重新剪辑，将以比以往更高的画质呈现。讲述了顶上战争2年后的草帽海贼团重新团聚，前往鱼人岛冒险，并挫败了新鱼人海贼团阴谋的故事。
